Какой штамм нового коронавируса попал в Москву?
Согласно международной базе данных Nextstrain, известно уже 30 штаммов коронавируса SARS-CoV-2. Все они произошли от общего предка,
который в конце прошлого года инфицировал первых пациентов в китайском городе Ухань. Разновидность, попавшая в Европу через Иран,
заразнее той, что распространилась по Юго-Восточной Азии и США. Именно она, как предполагают некоторые исследователи, оказалась в России.
В Москве же штаммов может быть гораздо больше.
В России геном нового коронавируса первыми секвенировали сотрудники Института гриппа имени Смородинцева во второй половине марта.
Они выделили РНК SARS-CoV-2 из носоглоточного мазка, взятого у тридцатилетней женщины. Сравнив полученные данные со штаммом
китайского вируса, ученые обнаружили пять несинонимичных замен.
Чуть позже в Институте проблем передачи информации проанализировали эти особенности — данные добавили в международную базу GISAID и разместили
в открытом доступе. Специалисты пришли к выводу, что российский штамм SARS-CoV-2 ближе не к азиатским, а к более заразным европейским.
Как сообщил в Facebook заведующий сектором ИППИ РАН, профессор факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ Георгий Базыкин, коронавирус,
выделенный у питерской пациентки, "находится внутри большой, преимущественно европейской клады".
"Преобладание базальных европейских последовательностей по соседству с нашей — сильное свидетельство в пользу завоза в Россию из Европы.
При этом клада, в которой оказалась питерская последовательность, довольно интересная: в нее попадают последовательности из известной "второй" вспышки близкородственных штаммов в штате Вашингтон", — отмечает исследователь.
По его словам, надо стремиться, чтобы секвенирование — расшифровка РНК нового коронавируса — было таким же быстрым, как и тестирование.
Это позволит лучше понять, как эпидемия протекает в России и что делать.
Особенности национального вируса
По мнению научного сотрудника Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора кандидата биологических наук Анны Сперанской,
расшифровка вирусных РНК без тщательной проверки результатов — не самый правильный путь.
"Сегодня мы способны перейти к производству информации — расшифровке вирусных геномов — с очень высокой скоростью, но в этом случае
пострадает точность. Мы не сможем гарантировать, что в полученных данных не будет ошибки. С начала эпидемии уже не раз заявляли
о выполненной работе, а потом ее отзывали. Из-за этого ученым, занимающимся эволюцией вирусов, сложнее разбираться в потоке
информации. Возможно, мы действуем медленнее остальных, все перепроверяем по несколько раз. Но зато ручаемся за точность
выводов", — подчеркивает Анна Сперанская.
Прямо сейчас исследователи из ЦНИИ эпидемиологии работают над секвенированием геномов SARS-CoV-2, выделенных из образцов российских пациентов. По предварительным данным, в Москве преобладают штаммы, близкие к европейской разновидности коронавируса. Однако в столицу попали и другие
варианты возбудителя, в том числе из Азии.
"С самого начала было понятно, что в России, контактирующей не только с Европой, но и с Китаем и другими странами, вряд ли будут циркулировать лишь европейские штаммы", — отмечает генетик.
Эти предположения отчасти подтверждают выводы сотрудников Университетского колледжа Лондона. Они проанализировали 7666 различных
сборок генома SARS-CoV-2 и выяснили, что в странах с большим количеством заболевших COVID-19 разнообразие вариантов коронавируса
особенно велико. В частности, в Великобритании количество штаммов SARS-CoV-2 почти такое же, как во всем мире. Это связано с тем,
что возбудителя туда завозили неоднократно.
Кроме того, британские специалисты установили, что в геномах коронавируса одни и те же мутации возникали несколько раз и независимо
друг от друга, то есть они оказались полезны для разных линий возбудителя. Всего специалисты выделили 198 таких мутаций, и 80 процентов
из них связаны с изменениями на уровне белка. Иными словами, SARS-CoV-2 продолжает приспосабливаться к новому хозяину — человеку.
В РНК российских вариантов коронавируса исследователи также видят мутации, пока незначительные. Тем не менее эти данные помогут
уточнить прогноз развития эпидемии в стране на ближайшие месяцы.
21/05/2020
Источник: https://ria.ru