Science-tv.ru

Какой штамм нового коронавируса попал в Москву?


Согласно международной базе данных Nextstrain, известно уже 30 штаммов коронавируса SARS-CoV-2. Все они произошли от общего предка, который в конце прошлого года инфицировал первых пациентов в китайском городе Ухань. Разновидность, попавшая в Европу через Иран, заразнее той, что распространилась по Юго-Восточной Азии и США. Именно она, как предполагают некоторые исследователи, оказалась в России. В Москве же штаммов может быть гораздо больше.

В России геном нового коронавируса первыми секвенировали сотрудники Института гриппа имени Смородинцева во второй половине марта. Они выделили РНК SARS-CoV-2 из носоглоточного мазка, взятого у тридцатилетней женщины. Сравнив полученные данные со штаммом китайского вируса, ученые обнаружили пять несинонимичных замен.

Чуть позже в Институте проблем передачи информации проанализировали эти особенности — данные добавили в международную базу GISAID и разместили в открытом доступе. Специалисты пришли к выводу, что российский штамм SARS-CoV-2 ближе не к азиатским, а к более заразным европейским. Как сообщил в Facebook заведующий сектором ИППИ РАН, профессор факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ Георгий Базыкин, коронавирус, выделенный у питерской пациентки, "находится внутри большой, преимущественно европейской клады".

"Преобладание базальных европейских последовательностей по соседству с нашей — сильное свидетельство в пользу завоза в Россию из Европы. При этом клада, в которой оказалась питерская последовательность, довольно интересная: в нее попадают последовательности из известной "второй" вспышки близкородственных штаммов в штате Вашингтон", — отмечает исследователь.

По его словам, надо стремиться, чтобы секвенирование — расшифровка РНК нового коронавируса — было таким же быстрым, как и тестирование. Это позволит лучше понять, как эпидемия протекает в России и что делать.

Особенности национального вируса

По мнению научного сотрудника Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора кандидата биологических наук Анны Сперанской, расшифровка вирусных РНК без тщательной проверки результатов — не самый правильный путь.

"Сегодня мы способны перейти к производству информации — расшифровке вирусных геномов — с очень высокой скоростью, но в этом случае пострадает точность. Мы не сможем гарантировать, что в полученных данных не будет ошибки. С начала эпидемии уже не раз заявляли о выполненной работе, а потом ее отзывали. Из-за этого ученым, занимающимся эволюцией вирусов, сложнее разбираться в потоке информации. Возможно, мы действуем медленнее остальных, все перепроверяем по несколько раз. Но зато ручаемся за точность выводов", — подчеркивает Анна Сперанская.

Прямо сейчас исследователи из ЦНИИ эпидемиологии работают над секвенированием геномов SARS-CoV-2, выделенных из образцов российских пациентов. По предварительным данным, в Москве преобладают штаммы, близкие к европейской разновидности коронавируса. Однако в столицу попали и другие варианты возбудителя, в том числе из Азии.

"С самого начала было понятно, что в России, контактирующей не только с Европой, но и с Китаем и другими странами, вряд ли будут циркулировать лишь европейские штаммы", — отмечает генетик.

Эти предположения отчасти подтверждают выводы сотрудников Университетского колледжа Лондона. Они проанализировали 7666 различных сборок генома SARS-CoV-2 и выяснили, что в странах с большим количеством заболевших COVID-19 разнообразие вариантов коронавируса особенно велико. В частности, в Великобритании количество штаммов SARS-CoV-2 почти такое же, как во всем мире. Это связано с тем, что возбудителя туда завозили неоднократно.

Кроме того, британские специалисты установили, что в геномах коронавируса одни и те же мутации возникали несколько раз и независимо друг от друга, то есть они оказались полезны для разных линий возбудителя. Всего специалисты выделили 198 таких мутаций, и 80 процентов из них связаны с изменениями на уровне белка. Иными словами, SARS-CoV-2 продолжает приспосабливаться к новому хозяину — человеку.

В РНК российских вариантов коронавируса исследователи также видят мутации, пока незначительные. Тем не менее эти данные помогут уточнить прогноз развития эпидемии в стране на ближайшие месяцы.

21/05/2020

Источник: https://ria.ru
Личный кабинет
логин      
пароль    
Российская академия наук
Институт проблем развития науки РАН © Copyright 2010-2020